Su origen data del 4 de julio de 1565 en el que el Regimiento (o Ayuntamiento) acordó "se tome la huerta de Antón Caparroso y sus herederos, toda o la que fuese necesario para hacer plaza y en ella las carnicerías, porque estén todas juntas y los tendidos para los corderos". asi es como comenzó el mercado general de la ciudad, en el que a excepción de la fruta que se vendía en la plaza de Arriba (Plaza Consistorial) se podían comprar toda clase de alimentos.
Desde 1769 en que se construyó el gran edificio del Pósito, el Mercado estaba instalado en su planta baja, en un gran patio con soportales, en donde estaban las tiendas de venta de carne y pescados, con la debida comodidad, separación y aseo. El centro abierto y sin cubrir se utilizaba cuando hacía buen tiempo. En uno de los lados de los soportales estaban lospuestos de verduras y comestibles. En 1862 el Pósito se traslado a la Plaza del Vínculo.
El 22 de diciembre de 1864 se obligó a todos los puestos de venta situados fuera del Mercadoa trasladarse a él (suprimiendo todos los puestos existentes en la plaza de la Fruta o plaza de Arriba) con el fin de centralizar todos. El 26 de junio de 1866 el ayuntamiento acordó que "la plaza de la Fruta tenga en lo sucesivo el nombre de plaza Consistorial". en la noche del 21 de mayo de 1875 un voraz incendio destruyó el Mercado de Santo Domingo. Al día siguiente se instaló un mercado provisional en los bajos del antiguo convento de San Francisco. las obras comenzaron en abril de 1876.
El 22 de mayo de 1877 se inauguró el actual Mercado construido por Villanueva y supervisado por el arquitecto de Vitoria, Martin de Sarasibar. En la nueva construcción se adquirieron 40 coluimnas de hierro fundido que en parte soportan la planta superior, aprobada su compra en sesión del Ayuntamiento de fecha 29 de marzo de 1876. El coste total de este edificio ascendió a la cifra de 296.336 pesetas.
Este mercado fue remodelado en el año 1986. En la remodelación intervinieron los arquitectos Jesús y Javier Martínez Oroquieta, Javier Contreras, Javier Esquisabel, Vicente González y Javier Silván.
En el año 2004 y como consecuencia del convenio de gestión firamado en abril de 2003 entre el Ayuntamiento y los comerciantes del Mercado la gestión del Mercado pasa a ser llevada por los propios comerciantes y se realiza una remodelación dejando libre una de las alas superiores para la instalación de uan mediana superficie, con la enseña de Caprabo.
En la actualidad queda una zona libre en la cual se va a construir un restaurante y sala de conciertos, abiertos hacia la plaza de los Burgos
Mercado s/n, 31001 Pamplona
Teléfono: 948221858